4 августа 2021, среда, 12:31
VK.comFacebookTwitterTelegramInstagramYouTubeЯндекс.ДзенОдноклассники

НОВОСТИ

СТАТЬИ

PRO SCIENCE

МЕДЛЕННОЕ ЧТЕНИЕ

ЛЕКЦИИ

АВТОРЫ

08 июня 2017, 13:45

Новый метод анализа белков работает в 50 раз быстрее

Работа методов на образце SASDAW3
Работа методов на образце SASDAW3
МФТИ

Учеными Университета Гренобля и Московского физико-технического института под руководством Сергея Грудинина создан высокоэффективный метод расчета кривых рассеяния рентгеновских лучей для анализа белковых молекул в растворе «Pepsi-SAXS», работающий от 5 до 50 раз быстрее, чем его аналоги. Полученные результаты опубликованы Международным союзом кристаллографии в журнале Acta Crystallographica, кратко о них сообщается в пресс-релизе МФТИ.

Белки имеют сложную структуру и чрезвычайно маленький размер – порядка нескольких нанометров. Для их изучения приходится изобретать необычные методы, поскольку любое воздействие может разрушить образец или изменить его свойства. Знание о структуре биомолекул и о механизмах их работы позволяет разрабатывать новые лекарства не методом проб и ошибок, а основываясь на рациональной базе.

Одним из способов изучения является анализ отраженных от белка рентгеновских лучей. Ученые используют именно рентгеновский, а не обычный свет, поскольку их интересуют атомные размеры, порядка 1/10000 микрона. Видимый свет — это чуть меньше микрона. Поэтому для того, чтобы посмотреть на такие мелкие объекты, нужен свет с очень короткой длиной волны. Таким свойством как раз и обладают рентгеновские лучи.

При малоугловом рассеянии рентгеновских лучей (SAXS) рентгеновское излучение рассеивается от образца и затем собирается под очень малыми углами. Получается график зависимости интенсивности рассеяния от угла падения. На основе этого графика проводится сравнительный анализ с экспериментальной базой образцов, и затем делается вывод о структуре и свойствах исследуемого белка.

По сравнению с другими методами определения структуры, SAXS гораздо проще и дешевле. Не требуется долгой специальной подготовки образцов, заморозки или кристаллизации белковых соединений. Образцы измеряются прямо в растворе в функциональном состоянии. Серьезно улучшается достоверность результатов, поскольку при проведении подготовки образец может менять свое состояние и свойства. Еще одним очень важным преимуществом метода является то, что разрушительное воздействие рентгеновских лучей на экспериментальный образец незначительно.

Но до недавнего времени методы SAXS обладали существенным недостатком — сложностью вычислений, сильно ограничивающей количество экспериментов. На обработку данных только одного эксперимента уходило порядка 10 часов. В стандартном подходе количество вычислений прямо пропорционально квадрату числа молекул образца, а это число составляло более тысячи. Первая идея, позволяющая упростить расчеты, пришла к немецкому ученому Генриху Штурману в 70-е годы прошлого века. Он предложил описывать рассеяние от молекулярных соединений при помощи специальных сферических функций. Хотя Штурману в силу отсутствия компьютеров приходилось вручную проводить расчеты на бумаге, уже тогда подход показал свою эффективность. Очень много в этой области было сделано учеными советской школы, в частности, Дмитрием Свергуном (сейчас работает в Гамбурге), который написал большой Пакет Atsas для всевозможных аспектов малоуглового рассеяния на биомолекулах. Эти наработки исследователи использовали в своей работе.

Андрей Казеннов, соавтор работы, аспирант МФТИ рассказывает: «Pepsi-SAXS расшифровывается как «Polynomial expansions of protein structures and interactions’ Small-angle X-ray Scattering» — адаптивный метод для быстрого и точного вычисления малоугловых профилей рентгеновского рассеяния. Pepsi-SAXS может подстраиваться под размер анализируемого образца и точность экспериментальных данных».

Дополнительно ученые создали эффективную модель водной оболочки анализируемых белковых соединений, что серьезно улучшает точность результатов работы методики.

Сергей Грудинин, руководитель исследования: «Метод был проверен на большой выборке данных, собранных из двух крупнейших биологических баз данных, BioIsis и SASBDB. Мы продемонстрировали, что Pepsi-SAXS работает от 5 до 50 раз быстрее, чем ранее применяемые методы CRYSOL, FoXS и трехмерный метод Цернике в SAStbx. При этом Pepsi-SAXS не только не уступает им в точности, а даже выигрывает». Помимо этого, особое внимание было уделено анализу получаемых результатов и их автоматическому сопоставлению с экспериментальными данными.

Изучение белковых соединений имеет фундаментальное значение для познания процессов жизнедеятельности живых организмов, создания лекарств и методов лечения болезней, а также получения новых органических материалов вплоть до выращивания искусственных органов. С новым изобретением наших ученых работы по этим направлениям смогут происходить в 50 раз быстрее.

Обсудите в соцсетях

«Ангара» Африка Византия Вселенная Гренландия ДНК Иерусалим КГИ Луна МГУ МФТИ Марс Монголия НАСА РБК РВК РГГУ РадиоАстрон Роскосмос Роспатент Росприроднадзор Русал СМИ Сингапур Солнце Титан Юпитер акустика антибиотики античность антропогенез археология архитектура астероиды астронавты астрофизика бактерии бедность библиотеки биоинформатика биомедицина биомеханика бионика биоразнообразие биотехнологии блогосфера вакцинация викинги виноделие вирусы воспитание вулканология гаджеты генетика география геология геофизика геохимия гравитация грибы дельфины демография демократия дети динозавры животные здоровье землетрясение змеи зоопарк зрение изобретения иммунология импорт инновации интернет инфекции ислам исламизм исследования история карикатура картография католицизм кельты кибернетика киты клад климатология клонирование комары комета кометы компаративистика космос кошки культура культурология лазер лексика лженаука лингвистика льготы малярия мамонты математика материаловедение медицина металлургия метеориты микробиология микроорганизмы мифология млекопитающие мозг моллюски музеи насекомые наука нацпроекты неандертальцы нейробиология неолит обезьяны общество онкология открытия палеоклиматология палеолит палеонтология память папирусы паразиты перевод питание планетология погода политика право приматы природа психиатрия психоанализ психология психофизиология птицы путешествие пчелы ракета растения религиоведение рептилии робототехника рыбы сердце смертность собаки сон социология спутники средневековье старение старообрядцы стартапы статистика табак такси технологии тигры топливо торнадо транспорт ураган урбанистика фармакология физика физиология фольклор химия христианство цифровизация школа экзопланеты экология электрохимия эпидемии эпидемиология этология язык Александр Беглов Алексей Ананьев Дмитрий Козак Древний Египет Западная Африка Латинская Америка НПО «Энергомаш» Нобелевская премия РКК «Энергия» Российская империя Сергиев Посад Солнечная система альтернативная энергетика аутизм биология бозон Хиггса вымирающие виды глобальное потепление грипп защита растений инвазивные виды информационные технологии искусственный интеллект история искусства история цивилизаций исчезающие языки квантовая физика квантовые технологии климатические изменения компьютерная безопасность компьютерные технологии космический мусор криминалистика культурная антропология культурные растения междисциплинарные исследования местное самоуправление мобильные приложения научный юмор облачные технологии обучение одаренные дети педагогика персональные данные подготовка космонавтов преподавание истории продолжительность жизни происхождение человека русский язык сланцевая революция темная материя физическая антропология финансовый рынок черные дыры эволюция эволюция звезд эмбриональное развитие этнические конфликты ядерная физика Вольное историческое общество Европейская южная обсерватория жизнь вне Земли естественные и точные науки НПО им.Лавочкина Центр им.Хруничева История человека. История институтов дело Baring Vostok Протон-М 3D Apple Big data Dragon Facebook Google GPS IBM MERS PayPal PRO SCIENCE видео ProScience Театр SpaceX Tesla Motors Wi-Fi

Редакция

Электронная почта: polit@polit.ru
Телефон: +7 929 588 33 89
Яндекс.Метрика Top.Mail.Ru
Свидетельство о регистрации средства массовой информации
Эл. № 77-8425 от 1 декабря 2003 года. Выдано министерством
Российской Федерации по делам печати, телерадиовещания и
средств массовой информации. Выходит с 21 февраля 1998 года.
При любом использовании материалов веб-сайта ссылка на Полит.ру обязательна.
При перепечатке в Интернете обязательна гиперссылка polit.ru.
Все права защищены и охраняются законом.
© Полит.ру, 1998–2021.